中医学的整体观念，对于观察和探索人体及人体与外界环境的关系和临床诊治疾病，具有重要指导意义。
（1）整体观念与生理：中医学在整体观念指导下，认为人体正常生命活动一方面要靠各脏腑发挥自己的功能，另一方面要靠脏腑间相辅相成的协同作用才能维持。每个脏腑各自协同的功能，又是整体活动下的分工合作，这是局部与整体的统一。这种整体作用只有在心的统一指挥下才能生机不息，“主明则下安……主不明则十二官危”，“凡此十二官者，不得相失也”（《素问·灵兰秘典论}）。经络系统则起着联系作用，它把五脏、六腑、肢体、官窍等联系成为一个有机的整体。精气神学说则反映了机能与形体的整体性。中医学还通过“阴耳阳秘”和“亢则害，承乃制，制则生化”的理论来说明人体阴阳维持相对的动态平衡。五千相制是正常生理活动的基本条件，五行生克制化理论则揭示了脏腑之间的相反相成、制约互用的整体关系。·这种动态平衡观、恒动观、制约观，与现代系统论有许多相通之处，对发展生理学有重要的意义。
（2）整体观念与病理：中医学不仅从整体来探索生命活动的规律，而且在分析疾病的病理机制时，也首先着眼于整体，着眼于局部病变所引起的病理反映，把局部病理变化与整体病理反映统一起来。既重视局部病变和与之直接相关的脏腑，更强调病变与其他脏腑之间有关系，并根据生克制化理论来揭示脏腑间的疾病传变规律。用阴阳学说来综合分析和概括整体机能失调所表现出来的病理反应。阳胜则阴病，阴胜则阳病；阳胜则热，阴胜则寒；阳虚则寒，阴虚则热。阴阳失调是中医学对病理的高度概括。
在病因学和发病学上，中医学十分强调机体正气对于疾病发生与否的决定作用。“正气存内，邪不可干”（《素问·刺法论》），“邪之所凑，其气必虚”（《素问·评热病论》），“两虚相得，乃客其形”（《灵柩·百病始生》）。这种病因学、发病学的整体观，对医疗实践有重要的意义。
（3）整体观念与诊断：在诊断学上，中医学强调诊断疾病必须结合致病的内外因素加以全面考察。对任何疾病所产生的症状，都不能孤立地看待，应该联系到四时气候、地方水土、生活习惯、性情好恶、体质、年龄、性别、职业等，运用四诊的方法，全面了解病情，加以分析研究，把疾病的病因、病位、性质及致病因素与机体相互作用的反应状态概括起来，然后才能作出正确的诊断。故曰：“圣人之治病也，必知天地阴阳，四时经纪，五脏六腑，雌雄表里，刺灸砭石，毒药所主，从容人事，以明经道，贵贱贫富，各异品理，问年少长，勇怯之理，审于分部，知病本始，八正九候，诊必副矣”（《素问·疏五过论》）。人体的局部与整体是辩证的统一，人体的任一相对独立部分，都寓藏着整个机体的生命信息。所以人体某一局部的病理变化，往往蕴涵着全身脏腑气血阴阳盛衰的整体信息。如舌通过经络直控或间接与五脏相通。故曰：“查诸脏腑图，脾、肝、肺、肾无不系根于心。核诸经络，考手足阴阳，无脉不通于舌，则知经络脏腑之病，不独伤寒发热有苔可验，即凡内伤杂证，也无一不呈其形、著其色于其舌”（《临证验舌法》）。可见舌就相当于内脏的缩影。
“四诊合参”；“审察内外”就是整体观念在诊断学上的具体体现。
（4）整体观念与防治：中医防治学强调人与外在环境的统一，以及人体的整体性。预防和治疗疾病必须遵循人体内外环境相统一的客观规律。人的机体必须适应气候季节的变化，和昼夜阴阳变化相适应，“春夏养阳，秋冬养阴”，方能保持健康，预防疾病。治病“必知天地阴阳，四时经纪”（《素问·疏五过论》），“必先岁气，勿伐天和”（《素问·五常政大论》）。否则“治不法天之纪，不用地之理，则灾害至矣”（《素问·阴阳应象大论》）。故日：“凡治病不明岁气盛衰，人气虚实，而释邪攻正，实实虚虚，医之罪也；凡治病而逆四时，生长化收藏之气，所谓违天者不祥，医之罪也”（《医门法律》）。所以，治疗疾病必须以天人一体观为指导思想，采取适宜的治疗方法，才能取得预期的疗效。
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